สภาพหลังจากทิ้งระเบิดปรมาณูที่ฮิโรชิมา (ถ่ายโดยนักบิน) ค.ศ. 1945ภาพการทิ้งระเบิดที่นางาซากิ ค.ศ. 1945ซากศาลาประชาคมในเมืองฮิโรชิมา ซึ่งเป็นอนุสรณ์สถานเตือนใจถึงการทิ้งระเบิดปรมาณูในสงครามโลกครั้งที่ 2ซุ้มประตูในเมืองนางาซากิ ที่ได้รับความเสียหายจากทิ้งระเบิดปรมาณูในสงครามโลกครั้งที่ 2

หลังการทดลองระเบิดปรมาณูครั้งแรกไม่นาน ได้มีการใช้ระเบิดปรมาณูอย่างจริงจังในสงคราม ต้นเดือนสิงหาคม ค.ศ. 1945 สงครามกับเยอรมันได้สิ้นสุดลง ประธานาธิบดีธีโอดอร์ โรสเวลต์ถึงแก่กรรมในเดือนเมษายน และประธานาธิบดีแฮร์รี เอส. ทรูแมนดำรงตำแหน่งเป็นประธานาธิบดีแทน โดยทรูแมนต้องการชัยชนะอย่างรวดเร็ว จึงตัดสินใจทิ้งระเบิดปรมาณูลูกแรกลงที่เมืองฮิโรชิมา ประเทศญี่ปุ่น และในอีก 2-3 วันต่อมา ระเบิดปรมาณูลูกที่สองถูกทิ้งลงที่เมืองนางาซากิ ภายหลังการระเบิดของระเบิดปรมาณูลูกที่สอง ญี่ปุ่นได้ประกาศยอมแพ้สงครามอย่างเป็นทางการ สงครามโลกครั้งที่ 2 จึงสิ้นสุดลง สหรัฐและฝ่ายสัมพันธมิตรจึงเป็นฝ่ายชนะ[7]

ข่าวญี่ปุ่นประกาศยอมแพ้มาถึงลอสอาลาโมสในเวลาค่ำวันที่ 14 สิงหาคม ค.ศ. 1945 แม้จะดึกมากแล้ว แต่การฉลองชัยก็กระจายออกไปทั้งไซต์-วาย คิสเตียคาวสกีผู้เชี่ยวชาญวัตถุระเบิด กดปุ่มจุดระเบิดยิงปืนใหญ่ที่เรียงรายอยู่รอบลอสอาลาโมสที่เขาโยงสายชนวนมารวมกันไว้จุดเดียว พวกนักวิทยาศาสตร์ตะโกนเชียร์ให้กับพลุไฟของคิสเตียคาวสกีและดื่มให้กับสันติภาพ

เมื่อการฉลองผ่านไป เหล่านักวิทยาศาสตร์เริ่มหันกลับมาให้ความสนใจกับจำนวนผู้เสียชีวิตที่ฮิโรชิมาและนางาซากิ สงสัยว่าพวกเขาทำถูกหรือไม่ที่สร้างลูกระเบิดอะตอมขึ้นมา ความเร่งด่วนของโครงการแมนแฮตตันหมดลงแล้ว นักวิทยาศาสตร์ค่อยๆ ทยอยจากไปทีละคนสองคน เดือนตุลาคมปีนั้นเองเขาก็ออกไปอยู่ที่วอชิงตัน ส่วนแฟร์มีและเทลเลอร์กลับไปที่ชิคาโก ในที่สุดแม้แต่กองทัพก็ถอนตัวออกไป โกรฟส์ยกเลิกมณฑลทหารช่างแมนแฮตตันเมื่อวันที่ 1 มกราคม ค.ศ. 1947 กฎหมายฉบับใหม่แปลงโครงการนี้เป็นของพลเรือนในชื่อว่า คณะกรรมาธิการพลังงานปรมาณู (Atomic Energy Commission หรือ AEC)

บทสรุปของโครงการแมนแฮตตันจบลงที่คำแถลงบางตอนของแฮร์รี เอส. ทรูแมน ในวันที่ 6 สิงหาคม ค.ศ. 1945 ว่า “......เมื่อ 16 ชั่วโมงก่อน เครื่องบินของอเมริกันลำหนึ่งได้ทิ้งลูกระเบิดที่เมืองฮิโรชิมาซึ่งเป็นฐานทัพสำคัญแห่งหนึ่งของประเทศญี่ปุ่น ลูกระเบิดนี้มีพลังมากกว่า ทีเอ็นที 20,000 ตัน รุนแรงกว่าลูกระเบิดที่รุนแรงที่สุดที่ชื่อว่าแกรนด์สแลมของอังกฤษถึง 2,000 เท่า....มันคือลูกระเบิดอะตอม.....เราได้ใช้จ่ายไปเป็นเงิน 2 พันล้านดอลลาร์ในการเดินพันทางวิทยาศาสตร์ครั้งใหญ่ที่สุดในประวัติศาสตร์และเราชนะพนัน”[8]